贲门癌和胃癌既有相同之处也有区别。可以大体上说贲门癌也能算是胃癌的一种。但是如果具体来说，它和胃癌还是有区别，因为胃癌指的是胃腔里的肿瘤，而贲门的部位是胃和食管结合部位的肿瘤，所以也有一种说法叫做胃食管结合部癌，也指的是贲门癌。在病理上二者也有所区别，胃癌往往以腺癌为主，贲门癌有部分是鳞癌。
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