直肠肛管先天性疾病包括肛门闭锁、异位肛门、直肠阴道瘘、直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘等疾病。
其原因多为先天原因所致。例如，肛门闭锁的原因主要是由于胚胎发育过程中原有肛门发育异常所致。肛膜未破裂或肛凹未能与直肠末端相通，导致直肠与外界隔绝，形成肛门闭锁。比如异位肛门的原因也是先天性发育不良引起的。
大多数先天性肛门直肠畸形需要手术治疗。
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