隐球菌病作为一种深部真菌病，主要侵犯中枢神经系统，约占隐球菌感染的80%，预后严重，死亡率高。隐球菌属包括17种和8个变种，在真菌分类学上归入半知菌亚门、芽孢菌纲、隐球酵母目、隐球酵母科。致病菌主要是新生隐球菌，已报道可引起人类疾病的还有浅黄隐球菌、浅白隐球菌和罗伦隐球菌等，但很少见。新生隐球菌有3个变种，即新生变种(var neoformans)、格特变种(var gattii)和上海变种(shanghaiensis)。按血清学分类可分为A、B、C、D及AD型5型，此外尚有少量不确定型。