脑积水的手术分为两种，一种是内镜手术，一种是脑室分流手术。对于内镜手术，手术常见的并发症包括脑室内出血、颅内感染以及三脑室底造瘘造成的损伤个别病人会出现尿崩，电解质紊乱等。第2种手术是脑室分流手术，分流手术最常见的并发症是分流管的感染，分流管堵塞不通，以及分流过度或者是分流不足的情况，因为分流管在体内存留的时间比较长。
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