肠痉挛的原因尚不清楚，但在儿童中，被认为是由于中枢神经系统发育不全、肠道功能和体质尚未成熟所致，而在成人中，则可能是由于腹寒、暴饮暴食或消化不良所致。可能与肠道炎症有关。
1、疾病因素
1.原发性肠痉挛：目前病因不明。
2、继发性肠道痉挛：由胃炎、急性肠炎、肠系膜淋巴结炎等胃肠道炎症刺激肠道，扰乱肠道功能，促使肠道强烈收缩，引起肠道痉挛等可能引起。
2. 疾病以外的因素
1、消化系统因素
(1)肠道气体过多：喂养方法不正确、碳酸饮料摄入过多、病理性食气、摄入不易消化的碳水化合物、二糖酶缺乏、小肠细菌过度生长等均可因食物发酵而导致气体过量发生。
(2)肠道蠕动增强：进食过多、进食后立即休息或不运动都会增加胃肠负担，引起肠道痉挛。
(3)胃肠激素：肠痉挛患儿出生前血液中胃动素水平升高，表明肠痉挛患儿可能存在胃肠动力因素。但新生儿血中胃动素浓度存在一定的个体差异。
(4)饮食因素：有些孩子肠道痉挛可能是由食物过敏引起的。
(5)其他因素：部分肠痉挛患儿可出现肠粘膜损伤，肠道对大分子物质的吸收增多；可见胆丛的改变和胆囊收缩力下降，但这不是因果关系。肠痉挛的原因尚不清楚。
2.非胃肠道因素
肠道痉挛可能是婴儿正常哭泣的原因，是发育过程中的一种生理现象。中枢神经系统极其敏感，哪怕是最轻微的刺激都会变得烦躁，难以平静。母亲的焦虑可能会使婴儿容易出现肠道痉挛。
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