所有颅内手术的主要风险是术中出血，因为术中出血会遮挡手术视野，影响手术效果。其次，大量出血会使颅内压升高，神经功能可能会造成损伤。还有与患者自身身体状况有关的并发症，如心律失常、栓塞等。另一个是手术后面临的并发症。颅咽管瘤手术后常见的并发症蕞包括尿崩症、视力障碍、高烧、电解质异常、抽搐、消化道出血、意识丧失，其中包括激素水平下降。可能的内部症状包括甲状腺功能减退、性激素水平低和生长激素水平低。另一种是脑积水和无菌性脑膜炎。
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