甲状腺髓样癌的具体预期寿命不固定;预后不如乳头状癌，寿命可能比乳头状癌短。甲状腺髓样癌可同时引起淋巴结侵犯和血行转移。已转移的甲状腺髓样癌患者的生存时间比未转移的患者短。 10年生存率仅为40%;而甲状腺髓样癌，10年生存率仅为40%。在没有转移的情况下，生存率只有40%，但对于癌症患者来说，10年生存率可高达70%。但与未分化癌不同，甲状腺髓样癌恶性程度高、进展快、预后差。髓样癌往往需要积极的手术切除，同时切除颈部淋巴结，效果良好。
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