胃间质瘤的风险分级主要依据中国胃肠道间质瘤诊治标准，分为极低风险、低风险、中风险、高风险四个级别。肿瘤大小和病理有丝分裂像的数量。
一般来说，极低风险肿瘤小于2厘米，病理有丝分裂图为5厘米或更小，而低风险肿瘤大于2厘米且5厘米或更小，病理有丝分裂图为5厘米或更小。风险肿瘤主要是那些直径为2 厘米或更小且病理有丝分裂图大于5 厘米的肿瘤。肿瘤高度一般较大，>5 cm，但病理核分裂像>5 cm。如果肿瘤破裂，无论肿瘤大小或病理性有丝分裂数量如何，风险都很高。因此，为预防恶变，建议密切随访患者，尽早发现、尽早治疗。
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