自身免疫性肝病目前很难治疗。积极治疗可以控制疾病的进展。
自身免疫性肝病是由于自身免疫功能障碍导致自身肝细胞受损而引起的，需要长期使用激素和免疫抑制剂治疗。目前尚无治愈自身免疫性肝病的方法。主要治疗是通过早期发现和治疗来控制病情并防止进展为严重肝纤维化和肝硬化。
自身免疫性肝炎的首选是激素治疗，如糖皮质激素或硫唑嘌呤。对于患有骨质疏松症或更年期的女性、患有糖尿病、消化性溃疡病的患者，或者当单独使用激素无效时，可以考虑联合使用硫唑嘌呤和激素，以减少激素剂量并减少激素相关并发症。不能耐受激素副作用的人可以使用挑激素替代品（例如布地奈德）进行治疗。
经过积极治疗后，早期患者的预后和生存与健康人无异。但如果治疗效果不足，后期进展为肝硬化或肝衰竭的可能性很大，后期可能需要进行肝移植。
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