根据组织来源，颌囊肿可分为两类。
1. 牙源性颌囊肿：由恒牙、牙上皮或上皮碎片产生。
(1)根尖囊肿：这是由于根尖肉芽肿慢性炎症刺激而发生的，如果根尖肉芽肿没有得到适当的治疗，拔牙后残留在颌骨内，更容易发生囊肿。
(2)原始囊肿：发生于牙釉质器官发育早期，牙釉质和牙本质形成之前，炎症或损伤后出现。
(3)牙囊肿：发生在牙冠或牙根形成后，临床症状较为典型。
(4)牙龈角化囊肿：来源于原始牙胚或牙层的残余物。
2.非牙源性颌骨囊肿：胎儿期残留上皮所致囊肿、外伤所致血管外渗出液囊肿、动脉瘤性骨囊肿等。
(1)球颌囊肿：发生于上颌侧切牙和尖牙之间，常引起牙齿移位或移位。
(2)鼻腭囊肿：位于切牙管内或附近。
(3)正中囊肿：位于门牙孔后方、正中腭缝处。
(4)鼻唇沟囊肿：位于上唇基部、鼻前庭内。
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