阿勒泰白癜风与自身免疫的关系甚受重视，因阿勒泰白癜风患者中20%~30%伴有自家免疫内分泌疾病，如甲状腺炎、糖尿病、慢性肾上腺皮质功能不足等。常伴有的免疫性疾病还有类风湿性关节炎、红斑狼疮、硬皮病、局灶性结肠炎、重症肌无力、恶性贫血、自家免疫性溶血性贫血、异常丙种球蛋白血症、斑秃、支气管哮喘、异位皮炎等。也可伴发于免疫系统的恶性肿瘤，有多发性骨髓瘤、何杰金氏病、胸腺瘤、蕈样霉菌病等。阿勒泰白癜风患者的亲属中，患自身免疫病者有显著的增多。在自身免疫病病人中，阿勒泰白癜风发生率较一般人群高10~15倍。
阿勒泰白癜风病人可存在免疫球蛋白增高、淋巴细胞转化试验、E花环试验、结核菌素及植物凝集素试验等，显示有细胞免疫低下现象。患者血清中抗甲状腺、抗平滑肌、抗胃壁细胞及抗核抗体等自家抗体的检出率较正常人群有显著增高。大部分患者血清中存在抗黑素细胞抗体，而正常人则无此抗体。
在临床上也表明为自家免疫病的现象有：○1同形反应。○2常与晕痣并发，晕痣周围白斑的组织病理表现与其他自身免疫病相似。○3患者应用皮质激素内服或外用，特别是对不按皮节分布的损害效果较好。
虽然免疫机制引起阿勒泰白癜风是一种有力的学说，很多现象也说明与免疫有关，但尚无直接证明，因此本病有关免疫学说有待进一步研究证明。
