骨纤维结构较差，一般不会恶变。少数患者可发生恶变，可导致骨肉瘤、纤维肉瘤等，或软骨肉瘤，一般发生于多骨症患者，应尽早治疗，以免造成严重后果。
纤维性发育不良是一种肿瘤样病变，可影响单块骨或多块骨。该病多见于女性患者。大多数病变始于儿童，直到青春期才会出现症状。纤维发育不良影响单个骨骼，通常是一种良性疾病，可导致肿胀、疼痛、畸形，甚至病理性骨折。通过手术刮骨、植骨治疗，可彻底治愈，不发生恶变。当多处骨骼受累时，受到内外环境刺激也可发生恶变，但恶变率极低。恶变可通过组织病理学检查确诊。
骨纤维异常增殖症若发生恶变，显微镜下可发现富含活跃细胞增殖的结缔组织，需高度重视。免疫组织化学还可以进一步用于区分骨纤维异常增殖和恶变，以协助制定治疗方案。
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