葡萄球菌(主要是金黄色葡萄球菌)是所有年龄段患者以及所有类型骨和关节感染的主要病原体。 -溶血性链球菌、低毒力的革兰氏阴性杆菌和厌氧菌可能引起急性感染。
新生儿容易受到大肠杆菌或乙型链球菌感染。老年人更容易受到需氧革兰氏阴性杆菌感染，尤其是脊柱感染。镰状细胞性贫血患者对沙门氏菌敏感。对于性活跃的人来说，淋菌性化脓性关节炎更为常见，而热带地区人群常见的病原体是布鲁氏菌和结核杆菌。真菌性骨髓炎较少见，曲霉菌感染偶见，而芽生菌病和组织胞浆菌病在一些流行地区较多见。真菌可引起慢性化脓性关节炎(尤其是孢子丝菌病)和关节假体感染(例如念珠菌)。大多数微生物都是相对不常见的病原体，例如世界某些地区发现的由棘球绦虫引起的包虫病。
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