疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，其中柯萨奇病毒 A 组最为常见，部分由肠道病毒 71 型引发。这些病毒生命力顽强，在常温环境下可存活数天，高温煮沸或含氯消毒剂才能将其灭活。
病毒主要通过多种途径传播。接触传播最为普遍，患儿的唾液、疱疹液、粪便中含有大量病毒，若健康儿童接触被污染的手、玩具、餐具等，再触摸口鼻，就可能感染;呼吸道飞沫传播也是重要途径，患儿咳嗽、打喷嚏时，含病毒的飞沫会悬浮在空气中，被他人吸入后致病;此外，饮用或食入被病毒污染的水、食物，也可能引发感染。
儿童免疫系统尚未发育完全，尤其是 6 个月到 5 岁的幼儿，是疱疹性咽峡炎的易感人群。在人口密集、空气流通差的幼儿园、学校等场所，一旦有患儿发病，病毒极易快速传播扩散，导致群体性感染。
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