过敏性结膜炎的发生，核心在于人体免疫系统对某些物质产生异常免疫应答。花粉是常见过敏原，春秋季节花粉飘散，接触结膜后，免疫系统将其识别为 “外来敌人”，启动免疫反应，释放组胺等炎性介质，引发眼痒、红肿、流泪等症状。
尘螨广泛存在于被褥、地毯中，其排泄物、尸体碎片同样会诱发过敏。动物毛发，特别是宠物的皮屑、唾液干燥后形成的微小颗粒，也容易让敏感人群中招。此外，部分患者对化妆品、眼药水等中的化学物质过敏，接触后眼部即刻出现过敏反应。
个体的过敏体质在发病中起关键作用，遗传因素使一些人天生免疫系统更易对外界物质产生过激反应。若同时存在过敏性鼻炎、哮喘等其他过敏性疾病，患过敏性结膜炎的风险也会显著增加。
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