子宫内膜薄会影响胚胎着床，进而干扰受孕，其成因较为复杂。内分泌失调是常见因素，雌激素对子宫内膜的生长至关重要，当卵巢功能衰退、多囊卵巢综合征等导致雌激素分泌不足时，子宫内膜无法正常增厚。孕激素、生长激素等其他激素失衡，同样会影响内膜发育。
多次人流、清宫等宫腔操作，会直接损伤子宫内膜基底层，导致内膜修复困难，甚至引发宫腔粘连，使内膜变薄。一些药物如长期使用促排卵药，可能会改变体内激素环境，间接影响子宫内膜生长。此外，年龄增长也会使子宫内膜厚度逐渐下降;长期吸烟、酗酒等不良生活习惯，以及自身免疫性疾病，都可能参与到子宫内膜变薄的过程中。
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