卵巢囊肿主要通过影响卵巢功能、阻碍精卵结合或干扰胚胎着床，间接导致女性不孕，具体与囊肿的性质、大小相关。
干扰排卵功能，较大的囊肿或病理性囊肿（如巧克力囊肿）会破坏卵巢组织，影响卵泡发育和排出，导致无排卵或排卵异常。
阻碍精卵结合，囊肿体积过大时，可能压迫输卵管，导致输卵管扭曲、堵塞，影响精子和卵子的相遇。
影响胚胎着床，子宫内膜异位囊肿等会引发盆腔粘连、子宫内膜环境异常，即便精卵结合形成胚胎，也难以在子宫内成功着床。
影响内分泌平衡，部分囊肿会分泌异常激素，打乱体内激素水平，进一步干扰生殖系统正常功能，降低受孕概率。
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