肛瘘的形成，大多从肛周脓肿开始。肛门内的肛窦被粪便堵塞或损伤后，细菌大量繁殖引发感染，形成肛周脓肿。
当脓肿破溃流脓，或经引流后，脓腔逐渐缩小，但感染通道并未彻底愈合，久而久之就形成一条连接肛门内部和肛周皮肤的瘘管，这就是肛瘘。
长期便秘、腹泻、久坐、爱吃辛辣刺激食物、免疫力低下等，都会加重感染，促进瘘管形成。肛瘘一旦形成，很难自行愈合，会反复流脓、肿痛。若不及时手术，瘘管会越来越复杂，给后续治疗带来更大困难。
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