萎缩性咽炎是慢性咽部疾病，发病多与多种因素长期作用相关，病程迁延，明确发病原因能更好地针对性预防，减少发病概率。其发病原因主要分为局部因素和全身因素两大类，二者相互影响、共同作用。
局部因素是主要诱因，最常见的是慢性咽炎反复发作，长期炎症刺激导致咽部黏膜、腺体逐渐萎缩；邻近器官疾病如萎缩性鼻炎、鼻窦炎，其分泌物倒流会持续刺激咽部，诱发黏膜萎缩。此外，长期用嗓过度、烟酒刺激，以及长期接触粉尘、有害气体，也会损伤咽部黏膜，引发萎缩。
全身因素同样不可忽视，长期营养不良、缺乏维生素A、B族，会导致咽部黏膜营养供应不足，引发萎缩；免疫力低下、长期熬夜、过度劳累，会降低身体抵抗力，增加发病风险。部分全身性疾病如糖尿病、干燥综合征等，也可能伴随咽部黏膜萎缩症状。
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