子宫内膜异位症的发病原因尚未完全明确，目前医学界普遍认为与经血逆流、遗传因素、激素水平异常及免疫功能紊乱等多种因素相关，其核心是子宫内膜组织在子宫腔外异常种植、生长。该病好发于育龄期女性，绝经后多会缓解。
经血逆流是最主要的诱因，经期子宫收缩时，部分经血可能夹杂子宫内膜碎片，经输卵管逆流至盆腔，这些碎片在盆腔内种植，逐渐形成异位病灶。遗传因素也有重要影响，有家族病史的女性，患病概率显著高于普通人群，可能与遗传易感基因有关。
此外，体内雌激素水平过高，会刺激子宫内膜过度增生，增加异位种植风险；免疫功能下降时，机体无法及时清除异位的内膜组织，也会诱发该病。同时，多次宫腔手术、长期痛经、月经不调等，也可能增加发病概率。
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