卵巢巧克力囊肿是肿块，但并非是肿瘤，它是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性鸡素的影响，每月脱落一次，形成月经。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称巧克力囊肿。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。定期体检，是预防巧克力囊肿的重要办法。
其治疗原则是，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，不过，经保守性手术后仍有可能复发。
患有巧克力囊肿的女性一定要及早去医院治疗，以免耽误了好治疗时期，造成严重后果。
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